Dzisiejszy kościół jest murowany, w stylu neogotyckim.

Jego budowę rozpoczął w 1880 r. ówczesny proboszcz liskowski ks. Hieronim Romanowicz, ale prace związane z jego wznoszeniem – z powodu braku środków finansowych i utrudnień ze strony władz carskich – ciągnęły się przez wiele lat. Do 1900 r. postawiono wyłącznie ściany zewnętrzne. Dalsze prace budowlane kontynuował kolejny proboszcz – ks. Wacław Bliziński. Ukończono je w 1901 r., a konsekracji świątyni dokonał 13 maja 1911 r. bp Stanisław Zdzitowiecki, ordynariusz włocławski. Ks. W. Bliziński oprócz pracy duszpasterskiej angażował się także w działalność polityczną, spółdzielczą, oświatową, opiekuńczą i kulturalną, i przy współpracy z parafianami doprowadził do wielkiego rozwoju społeczno-gospodarczego wsi, która w okresie międzywojennym w powszechnej opinii zyskała miano: wzorowej wsi polskiej, w której zorganizowano dwie krajowe wystawy rolnicze: Wieś polska Lisków (1925) i Praca i kultura wsi (1937) oraz regionalny kongres eucharystyczny diecezji włocławskiej (1938).

Kościół składa się z prostokątnej, halowej nawy i węższego oraz niższego od niej prezbiterium, zamkniętego wielobocznie, do którego od północy i południa przylegają dwa niewielkie pomieszczenia – północne pełni funkcję kaplicy Wieczystej Adoracji, a południowe zakrystii. W elewacji zachodniej umieszczona jest dwukondygnacyjna wieża z wejściem głównym i zegarem w okrągłej, uskokowej wnęce, zbudowana na planie kwadratu, nakryta ostrosłupowym dachem zwieńczonym krzyżem. Ściany od zewnątrz wsparte są przyporami, a ostrołukowe okna w nawie (z witrażami) ozdobione są ceglanym fryzem. Dach nad nawą jest dwuspadowy, pokryty blachą cynkową i posiada wieżyczkę na sygnaturkę.

Wyposażenie wnętrza, pokrytego polichromią namalowaną w 1937 r. przez Adama Siemianowicza, ucznia Józefa Mechoffera (na miejscu poprzedniej wykonanej przez firmę C. Czarneckiego z Warszawy), jest neogotyckie, a w ołtarzach umieszczone są obrazy pochodzące w przeważającej mierze z dawnego kościoła. W ołtarzu głównym, w ostrołukowej wnęce, znajduje się obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, który przysłania zasuwa z obrazem Wszystkich Świętych. Dwa ołtarze boczne ustawione są przy ścianie tęczowej. Pierwszy z nich mieści obraz św. Rodziny ze złoconymi sukienkami i rzeźby: św. Michała Archanioła, św. Kazimierza i św. Wacława. Natomiast w drugim znajduje się – obraz Jezusa Miłosiernego i figury: św. Jana Nepomucena i św. Antoniego. Na ścianach nawy wiszą Stacje Drogi Krzyżowej, a w zachodniej części nawy znajduje się empora chórowa z prospektem organowym, wsparta na dwóch słupach. W świątyni znajduje się także ambona z reliefami przedstawiającymi czterech Ewangelistów i Jezusa oraz chrzcielnica z nastawą, na której namalowana jest scena chrztu Jezusa w Jordanie.